Foreningen Sportshøjskolen har sin oprindelse tilbage i 2008. Her blev den i første omgang stiftet under navnet, Sportshøjskolen, af en håndfuld elever fra Aalborg Sportshøjskole der delte en fælles interesse for styrkeløft. Foreningen Sportshøjskolen blev stiftet under Aalborg Sportshøjskole, og med et formål om at blive godkendt klub i Dansk Styrkeløft Forbund så medlemmer kunne udøve og konkurrere i styrkeløft.
Interessen i foreningen spredte sig med årene blandt elever på Aalborg Sportshøjskole, og der blev hurtigt et behov for også at imødekomme elever med interesse for vægtløftning. Foreningen Sportshøjskolen blev derfor også medlem af Dansk Vægtløftnings Forbund, og kunne tilbyde både styrkeløft og vægtløftning, hvilket gik godt i hånd med de faglige linjer der blev udbudt på Aalborg Sportshøjskole.
Foreningen Sportshøjskolen var dog ikke udelukkende for elever på Aalborg Sportshøjskole. Tidligere elever fortsatte som medlemmer og kendskabet til Foreningen Sportshøjskolen spredtes i Aalborg, hvilket betød nye medlemmer fra Aalborg og omegn. Det løftede både det sociale sammenhold i foreningen, men også det sportslige niveau, både på elite- og breddeplan - der var plads til alle med samme sportslige interesse.
Den tætte tilknytning til Aalborg Sportshøjskole betød også, at foreningen havde tilhold i samme træningslokaler som højskolen benyttede til undervisning. I starten benyttede man Hal 3 i Aalborg Stadionhal, men i 2012 blev der behov for mere plads og man flyttede til lokaler i Ryesgade. Det var dog kun for et kort ophold, da Aalborg Sportshøjskole fandt bedre egnede lokaler på Hjulmagervej, som man flyttede til i starten af 2013.
Aalborg Sportshøjskole startede kort efter en CrossFit linje op og fik deres træningslokaler godkendt som affiliate ved CrossFit. Det betød, at foreningen også kunne begynde at tilbyde CrossFit som sportsgren til medlemmerne.
I 2014 opstod der et behov for, at foreningen blev separeret fra Aalborg Sportshøjskole, grundet regelændringer i DIF. Der havde samtidig langsomt vokset et ønske blandt medlemmerne om at stå på egne ben og drive deres egen forening. I november 2014 blev der derfor afholdt en stiftende generalforsamling, og den nuværende forening, Foreningen Sportshøjskolen, blev stiftet af den tidligere forenings medlemmer. Foreningen stod nu på egne ben, men et tæt samarbejde med Aalborg Sportshøjskole og dens elever blev bibeholdt.
Da Aalborg Sportshøjskole byggede nye træningslokaler i 2018 på Annebergvej ved siden af højskolen, var det derfor også naturligt for foreningen at flytte med fra lokalerne på Hjulmagervej og ind i det nye Klatre- og Styrkeunivers på Annebergvej, som er Foreningen Sportshøjskolens nuværende lokaler.